第二集中，尼奥（基努·里维斯KeanuReeves饰）没有能从内部摧毁“母体”，他的身体在真实世界的飞船上陷于昏迷，思想却被困在介于“母体”和真实世界的中间地带，这个地方由“火车人”控eee。墨菲斯（劳伦斯·菲什伯恩LaurenceFishburne饰）和崔妮蒂（凯瑞-安·莫斯Carrie-AnneMoss饰）等人知道了尼奥的情况，在守护天使的带领下，找到了“火车人”的控制者梅罗纹奇，经过一番激斗，将尼奥救了出来。此时，电子乌贼部队对锡安发起了猛烈的攻击，人类组织所有机甲战士展开顽强的抵抗，形势危在旦夕；尼奥和崔妮蒂驾驶了一艘飞船克服重重困难，到达机器城市，尼奥终于见到了机器世界的统治者“机器大帝”，双方谈判并达成了协议：尼奥除掉不受“母体”控制的史密斯，以换取锡安的和平。在“母体”中，尼奥和史密斯展开了关系人类生死存亡的最后决斗。

　　知名畅销小说作家的遗作——他生前畅销小说的三部曲最后一集，即将发布。为了能在世界主要地区同时出版这本小说，出版商聘用了9名来自世界各地的翻译员，同时在现场翻译小说。他们被关进了一间豪华但守卫森严的套房，时刻在监视之下。然而，绝密手稿的前十页突然在网上流出，出版商也被勒索巨额赎金。如果不支付五百万欧元，还会继续泄漏内容。除了出版商和这9名翻译，没有人接触过这份手稿。出版商确信，泄密者就在他们9人当中。究竟谁是这一切的幕后操纵者aaa